Παρόλα αυτά ο Κανελλόπουλος έχει αποκτήσει αρκετούς αυστηρούς επικριτές, ακόμα και εχθρούς εξαιτίας των λεγομένων και των πράξεών του στην πολιτική σταδιοδρομία του, ιδιαίτερα στον ελληνικό εμφύλιο πόλεμο. Στην πρώτη του συνάντηση με τον στρατηγό Τζέιμς Βαν Φλιτ, θέλοντας να τον καλωσορίσει του είπε: «Στρατηγέ, ιδού ο στρατός σας», εννοώντας τις Ένοπλες Δυνάμεις της χώρας. Επίσης, σφοδρές αντιδράσεις είχαν προκαλέσει οι δηλώσεις του σχετικά με τα στρατόπεδα όπου κρατούνταν οι κομμουνιστές, αποκαλώντας τη Μακρόνησο ως «Νέο Παρθενώνα». Μερικοί ωστόσο αμφισβητούν την ακρίβεια της εν λόγω δήλωσης. Πάντως σύμφωνα με ιστορικές πηγές ο Κανελλόπουλος στην αυτοκριτική του είχε μετανιώσει για τις δηλώσεις αυτές.

ΠΙΕΣ ΤΟ ΑΦΙΟΝΙ ΣΟΥ ΞΑΝΑ ΜΑΝΑ……